一是水池、水箱是設計不合理。容積過大，增加了自來水在其中的停留時間，余氯揮發至零，造成細菌、大腸菌群超標。夏季水溫較高，余氯揮發速度加快，24小時后即為零，不宜直接飲用。多數水池為鋼筋混凝土結構，池壁粗糙，池面滋生微生物；有些水箱內壁涂料附著力差，有污染物溶出；沒有防護涂層，大量鐵銹掉落水中；出水管設置過高，出水管以下部分形成死水區，而且會有沉積物，造成水質污染；出水管設置過低，水池中的沉積物會進入出水管，進而進入整個給水系統，污染水質。

二是產權單位管理不善。城區內大量的二次供水設施屬產權單位分散管理，缺少切實可行的衛生管理制度，從業人員缺乏專業知識，比如：將水池通氣管封死，導致水池中通氣不暢而使水質惡化；將通氣管的防蟲網罩損壞，使外界雜物、飛蟲等進入水池；不按規定對蓄水設施進行定期清洗、消毒甚至從未清洗消毒過，更沒有配備水質再消毒設施。